Le Crédit d’Impôt Recherche (CIR) est un dispositif fiscal soumis à un contrôle de plus en plus rigoureux de l’administration. Les entreprises ayant le statut PME peuvent bénéficier d’un remboursement immédiat de leur créance, ce qui renforce l’attention portée aux dossiers. Voici les 5 questions que les dirigeants nous posent le plus souvent au sujet du contrôle du CIR.
1. Les contrôles de CIR sont-ils fréquents ?
Toutes les déclarations de CIR peuvent faire l’objet d’un examen de cohérence par les services fiscaux. Cet examen (demande d’information complémentaire) de premier niveau est une vérification de la cohérence formelle de la déclaration mais rarement d’une expertise technique. Le contrôle se caractérise par une demande de justificatifs techniques et financiers pour vérifier s’il y a des incohérences de calculs ou d’éligibilité des travaux au sens propre du dispositif.
Attention à ne pas confondre ce contrôle spécifique avec un contrôle fiscal général, qui porterait sur l’ensemble de la comptabilité de l’entreprise. Si votre déclaration a été réalisée dans les règles de l’art, le contrôle est un processus parfaitement normal et ne présente aucun caractère problématique.
2. Dans quel délai peut avoir lieu un contrôle de CIR ?
La demande d’information complémentaire intervient généralement assez rapidement après le dépôt de la déclaration, et peut varier entre 2 semaines et 6 mois maximum après la déclaration.
Toutefois, un contrôle fiscale porté sur le CIR peut survenir jusqu’à l’expiration du délai de prescription fiscale, fixé à 3 ans plus l’année en cours (article L. 169 du Livre des procédures fiscales).
Exemple : un CIR déclaré en mai 2023 au titre de l’exercice 2022 peut faire l’objet d’un contrôle jusqu’au 31 décembre 2026. Passé ce délai, la créance est prescrite et ne peut plus être remise en question par l’administration.
3. Qui effectue les contrôles ?
Deux acteurs peuvent intervenir dans le contrôle du CIR :
- Les services fiscaux SIE (Service des Impôts des Entreprises) qui procèdent à l’examen de premier niveau.
- Le Ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche (MESR), qui désigne un expert scientifique pour évaluer l’éligibilité des travaux déclarés.
En pratique, et d’après notre expérience, lorsque les enjeux financiers sont limités (en dessous de 100 000 € environ), le dossier est généralement traité directement par les services fiscaux. Pour des montants plus importants ou des dossiers scientifiquement complexes, le SIE peut solliciter une expertise du MESR.
Ce seuil de 100 000 € n’est pas inscrit dans un texte réglementaire : il s’agit d’une observation empirique, et l’administration reste libre de saisir le MESR quel que soit le montant.
4. Quelle est la différence entre ces 2 types de contrôles ?
Dans les deux cas, le contrôle aboutit soit à une validation totale ou partielle du CIR, soit à une remise en question de tout ou partie des dépenses déclarées.
La principale différence tient à la portée scientifique de l’analyse : l’examen par les services fiscaux est plus rapide mais moins approfondi sur le plan technique, tandis que l’expertise du MESR mobilise un expert scientifique indépendant qui évalue précisément l’éligibilité des travaux.
Il existe également une différence importante dans le cadre d’un contrôle fiscal ultérieur :
- Une expertise favorable du MESR est opposable à l’administration fiscale sur la question de l’éligibilité scientifique des travaux (article L. 45 B du LPF). L’Inspecteur des Finances Publiques ne peut pas remettre en cause cette appréciation, bien que les aspects comptables et financiers restent susceptibles d’être contrôlés indépendamment.
- En l’absence d’expertise du MESR, l’Inspecteur peut saisir lui-même le ministère pour obtenir une expertise scientifique. Ce cas reste peu fréquent en pratique, mais il est juridiquement possible.
5. Combien de temps prend un contrôle ?
Les délais de l’administration sont variables et aucune réponse absolue ne peut être apportée. D’après notre expérience, les délais moyens observés sont les suivants :
- Contrôle par les services fiscaux (SIE/DIRCOFI) : 2 à 4 mois.
- Expertise du MESR : 4 à 6 mois, voire davantage selon la complexité du dossier et la charge de travail du ministère.
Des relances régulières auprès du SIE, après transmission de vos éléments techniques, peuvent contribuer à accélérer significativement le traitement du dossier.
