Le Crédit d’Impôt Recherche (CIR) et le Crédit d’Impôt Innovation (CII) restent en 2026 deux dispositifs fiscaux majeurs pour soutenir les entreprises qui investissent dans la recherche et l’innovation. Contrairement à certains régimes fiscaux réservés aux jeunes entreprises, ces crédits d’impôt ne sont pas limités par l’âge de la société. Une entreprise peut donc mobiliser le CIR ou le CII à n’importe quel moment de son développement, dès lors que ses travaux respectent les critères d’éligibilité définis par l’administration fiscale. La question la plus fréquente concerne cependant les délais pour déclarer le CIR ou le CII, les délais de remboursement et le délai de prescription. Bien comprendre ces échéances est essentiel pour sécuriser sa déclaration et optimiser sa trésorerie.
Le CIR et le CII fonctionnent par année civile. Les dépenses éligibles correspondent toujours aux travaux réalisés entre le 1er janvier et le 31 décembre, indépendamment de la date de clôture de l’exercice comptable de l’entreprise. Cette règle peut parfois créer un décalage pour les sociétés dont l’exercice fiscal ne se termine pas au 31 décembre. Par exemple, une entreprise qui clôture son exercice au 30 septembre devra déclarer un CIR basé sur les dépenses de R&D réalisées entre le 1er janvier et le 31 décembre de l’année précédente. Les dépenses engagées entre janvier et septembre de l’année en cours seront intégrées dans le CIR de l’année suivante. À l’inverse, lorsque l’exercice comptable se termine au 31 décembre, les exercices fiscaux et les années civiles sont alignés, ce qui simplifie le calcul et la déclaration du crédit d’impôt.
La déclaration du CIR ou du CII s’effectue en même temps que la déclaration de résultat et le relevé de solde d’impôt sur les sociétés (IS). L’entreprise doit déposer la déclaration 2069-A-SD, qui correspond à la déclaration du crédit d’impôt recherche et du crédit d’impôt innovation, en même temps que sa liasse fiscale. Pour les entreprises qui clôturent leur exercice au 31 décembre, la date limite pour déclarer le CIR intervient généralement à la mi-mai de l’année suivante. Pour les entreprises qui clôturent en cours d’année, la déclaration doit être déposée dans les trois mois suivant la clôture de l’exercice. Le crédit d’impôt est alors imputé sur l’IS dû au titre de cet exercice. Lorsque le montant du crédit d’impôt dépasse l’impôt dû, l’excédent constitue une créance sur l’État.
Dans de nombreux cas, notamment pour les PME, cette créance peut être remboursée immédiatement par l’administration fiscale. Une fois la liasse fiscale déposée et la déclaration de CIR ou CII transmise, l’administration dispose d’un délai légal de six mois pour instruire la demande. Pendant cette période, elle peut soit procéder au remboursement du CIR, soit adresser à l’entreprise une demande d’informations complémentaires afin de vérifier l’éligibilité des travaux déclarés. En pratique, les délais de remboursement varient selon les services fiscaux et la complexité du dossier, mais ils s’inscrivent généralement dans cette période de quelques mois suivant le dépôt de la déclaration. Nos dernières constatations tendent à voir les délais se rallonger.
Il est également possible de déclarer un CIR ou un CII a posteriori, sur des exercices déjà clos. Le droit fiscal prévoit en effet un délai de réclamation fiscale de trois ans, qui permet aux entreprises de corriger leurs déclarations. Concrètement, une entreprise dispose jusqu’au 31 décembre de la troisième année suivant celle du dépôt initial de la déclaration pour demander la restitution d’un crédit d’impôt non déclaré. Cette règle permet par exemple à une entreprise qui découvre tardivement l’éligibilité de ses travaux de déposer une déclaration rectificative de CIR et de récupérer les montants correspondants. Ce type de démarche déclenche cependant souvent une analyse approfondie du dossier par l’administration, ce qui peut rallonger les délais de traitement.
Prenons un exemple concret pour illustrer les délais de déclaration du CIR. Une entreprise qui réalise des dépenses de R&D entre le 1er janvier et le 31 décembre 2025 pourra déclarer son CIR 2025 en 2026 lors du dépôt de sa liasse fiscale. Si son exercice se clôture au 31 décembre, la déclaration devra être déposée aux alentours de la mi-mai 2026. Si l’entreprise ne déclare pas ce crédit d’impôt à cette date, elle pourra encore le faire ultérieurement grâce au délai de réclamation fiscale. Dans ce cas précis, le CIR 2025 pourra être déclaré jusqu’au 31 décembre 2028. Passée cette date, la créance fiscale sera prescrite et ne pourra plus être réclamée.
La prescription fiscale s’applique également à l’administration. Après le dépôt d’une déclaration de CIR ou de CII, l’administration fiscale dispose d’un délai de reprise de trois ans pour vérifier les éléments déclarés. Cela signifie qu’elle peut demander des informations complémentaires ou engager un contrôle fiscal pendant cette période. Il est donc essentiel de conserver une documentation solide justifiant les travaux de recherche et développement, les dépenses associées et la méthodologie utilisée pour calculer le crédit d’impôt. A noter que l’examen portent sur l’ensemble des déclarations sur la période et pas uniquement sur les exercices de cette période.
En pratique, une bonne gestion des délais du CIR et du CII permet d’optimiser le calendrier de remboursement et de limiter les risques en cas de contrôle. Anticiper la préparation du dossier, documenter les projets de R&D tout au long de l’année et déposer la déclaration le plus tôt possible après la clôture de l’exercice sont autant de bonnes pratiques qui facilitent l’instruction du dossier par l’administration fiscale et sécurisent l’accès au crédit d’impôt recherche et au crédit d’impôt innovation.
